截至2011年，北京大学共有国家实验室1个（筹），国家级重点实验室12个，国家工程实验室1个，国家工程研究中心2个，教育部重点实验室13个，教育部工程研究中心5个，北京市重点实验室2个，卫生部重点实验室6个，教育部网上合作研究中心6个，教育部人文社会科学重点研究基地13个。

--国家级实验室（1个）------------

1、           北京分子科学国家实验室（筹）

--国家级重点实验室（12）---------

1、     人工微结构与介观物理

2、      分子动态及稳定态结构

3、      蛋白质工程及植物基因工程

4、      生物膜与膜生物工程

5、      湍流与复杂系统研究

6、      稀土材料化学及应用

7、      区域光纤通信网与新型光通信系统

8、      文字信息处理技术（暂无网站链接）

9、       环境模拟与污染控制（暂无网站链接）

10、    天然药物及仿生药物

11、    微米/纳米加工技术

12、    核物理与核技术

--国家工程实验室（1）------------

1、     数字视频编解码技术 

--国家工程研究中心（2）------------

1、     电子出版新技术国家工程研究中心

2、     软件工程国家工程研究中心

--教育部重点实验室（13）------------ 

1、     数学与应用数学

2、     生物有机与分子工程

3、     纳米器件物理与化学

4、     地表过程分析与模拟

5、     水沙科学

6、     造山带与地壳演化

7、     神经科学 

8、     分子心血管 

9、     高分子化学与物理

10、      流行病学

11、      高可信软件技术

12、      细胞增殖与分化

13、      机器感知与智能 

--北京市重点实验室（2）------------ 

1、     医学物理和工程实验室 

2、     空间信息集成与3S工程应用实验室

--卫生部重点实验室（6）------------   

1、     心血管分子生物学与调节肽卫生部开放实验室

2、     精神卫生学卫生部开放实验室

3、     肾脏疾病卫生部开放实验室

4、     神经科学卫生部开放实验室

5、     医学免疫学卫生部开放实验室

6、     生育健康卫生部开放实验室

--教育部网上合作研究中心（6）------------  

1、     数学与应用数学 

2、     生命科学与生物技术 

3、     应用化学

4、     软件科学与技术（暂无网站链接）

5、     核科学与核技术 

6、     脑科学与认知科学

--教育部人文社会科学重点研究基地（13）------------ 

1、     邓小平理论研究中心 

2、     东方文学研究中心 

3、     汉语语言学研究中心 

4、     教育经济研究所 

5、     外国哲学研究所 

6、     政治发展与政府管理研究所  

7、     中国古代史研究中心 

8、     中国古文献研究中心 

9、     中国考古学研究中心 

10、      中国社会与发展研究中心 

11、      美学与美育研究中心

12、      国家发展研究院

13、      宪法与行政法研究中心（暂无网站链接）